Fakultas Ilmu Keislaman (FIK) merupakan nama perubahan dari Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Ihya Kuningan. Perubahan tersebut dilakukan setelah Yayasan Al-Ihya Kuningan mengusulkan penggabungan antara STAI dengan UNISA Kuningan. Usulan dilakukan dua tahun setelah UNISA Kuningan berdiri, tepatnya pada 20 Mei 2016.

Sehingga sejak 3 April 2017, STAI tergabung dengan UNISA Kuningan dan disebut Fakultas Ilmu Keislaman. Hal ini berdasar pada Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor 1923 Tahun 2017 tentang Izin Perubahan Nama Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Ihya Kuningan menjadi Fakultas Ilmu Keislaman pada Unisa Kuningan.

Sejak menjadi fakultas, FIK mengelola empat program studi yaitu S1 Pendidikan Agama Islam (PAI), S1 Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), S1 Perbankan Syariah (PSY), dan S1 Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI). Pada Desember 2019, FIK juga mulai mengelola Program Studi Magister (S2) Pendidikan Agama Islam.

Selama hampir sepuluh tahun ini, FIK UNISA Kuningan sudah dipimpin oleh enam dekan, antara lain:

Dekan Pertama           : Dr. H. Fenny Rahman, HS., M.Pd.

Dekan Kedua              : Drs. Uhandi, S.Ag., M.Si.

Dekan ketiga               : Dr. H. Iim Suryahim, S.Si., M.Pd. 

Dekan Keempat          : Nur Rohmatillah, S.Psi., M.Pd.

Dekan Kelima              : Dr. H. Aik Iksan Anshori, Lc., M.A.Hum.

Dekan Keenam           : Dr. Arif Fauzan, M.E.I.